이동원 목사는 49세 되던 해, 이민 목회의 성공적 귀감이었던 미국의 수도 위싱턴 지구촌교회에 대한 미련과 애정을 뿌리치고 아직 어린 두 아들을 무조건 주님 품에 맡기고, 사랑하는 조국에 대한 거룩한 부담으로 귀국의 여정에 올랐다. 1993년 귀국하여 분당, 수지에서 지구촌교회를 창립, 민족치유, 세상 변화의 꿈을 이루기 위하여 달렸다.

개척한지 15년 만에 30,000명 성도를, 3,000명의 평신도 선교사(목자), 300명 이상의 해외선교사를 파송하여 333 비전을 이루고, 12개의 사회복지기관을 통해 이웃을 섬기는 지구촌교회의 사역을 사람들은 목회의 기적이라 부르고 있다. 그것은 제자훈련이 장작더미가 되고 그의 메시지가 불쏘시개가 된 까닭일 것이다. 미국 사우스이스턴 침례신학대학원에서 신학 석사학위를, 트리니티 복음주의 신학교에서 선교신학 박사학위를 취득했으며 “자랑스런 동문상”(Award of the Year)을 수상했다. 미드 웨스턴 침례신학대학원에서 세계적인 복음주의 강해 설교가들에게 수여하는 ’스펄전 동역자상‘(Spurgeon Fellow)을 받았다. 목회의 절정 65세에 조기은퇴를 하며 모든 은퇴비를 사양하고 처음 개척 시 무소유 섬김 목회의 약속을 지켰다. 그는 은퇴 후 목회리더십쎈터(PLC)에서 말씀사역과 가평 필그림 하우스에서 천로역정 사역을 이끌며 차세대 리더십을 키우고 있다. 그는 한국교회에서 1975년 최초의 가정 사역, 새생활 세미나를 열어 가정사역의 씨앗을 뿌렸다.

저서로 《너희는 약속의 말씀을 붙들고 살라》,《너희는 광야로 진군하라》, 《너희는 일어서 다시 가라》(이상 압바암마), 《세상이 줄 수 없는 하나님의 선물》, 《쉽게 풀어 쓴 누가의 예수 이야기》, 《아들아, 씨유 인 헤븐》(이상 두란노), 《영성의 길》(규장), 《내 영혼의 내비게이션》(생명의 말씀사), 《천국은 우리집 같아요》(북쌔즈) 등 다수가 있다.