1509년 7월 10일 프랑스 북부 피카르디 지방의 누아용에서, 주교의 법률 고문으로 일하던 제라르 코뱅과 잔 르프랑의 일곱 자녀 중 둘째로 태어나다.

1523년 학업을 위해 파리로 이주하여 마르슈 대학과 몽테규 대학에서 공부를 시작하다.

1528년 아버지에게 법학 공부를 권유받고 저명한 법학자 피에르 드 에스투왈이 있는 오를레앙 대학으로 옮기다.

1529년 여름, 부르주 대학으로 옮겨 법학 공부를 계속하다.

1531년 아버지 사망 후 신학 공부를 위해 파리로 돌아가 포르테 대학에서 심도 있게 어학을 공부하다.

1532년 법학 공부를 마치기 위해 다시 오를레앙 대학으로 돌아가다.

1533년 11월 1일 만성절, 종교개혁을 역설한 니콜라 콥의 파리 대학 학장 취임 연설문 초안 작성에 참여하다(이 사건에 따른 박해를 피해서 콥과 함께 파리를 탈출할 무렵 “갑작스런 회심”을 경험한다).

1534년 파리 근교에 머물다가 파리 남부의 생통주 지방으로 옮겨 가다(거기서 그는 샤를 데스페비유라는 가명을 사용하며 상당 기간 클레의 교구 사제이자 앙굴렘 성당 참사회원인 루이 뒤 티예의 집에 머문다. 뒤 티예의 훌륭한 서재는 그의 『기독교 강요』 초판을 준비하기에 최적의 장소였다).

1535년 6월 4일, 사촌 피에르 올리베탕이 출간한 프랑스어 성경의 추천 서문을 라틴어로 작성하다.

1536년 3월, 바젤에서 『기독교 강요』 라틴어 초판이 출간되자 빠른 속도로 매진되다(프랑수와 1세에게 보내는 서한 형식의 서문은 1535년 8월 23일자로 되어 있다).
8월, 제네바를 거쳐 스트라스부르로 향하던 중 기욤 파렐의 설득으로 제네바 종교개혁에 동참하기로 하다.

1538년 4월 25일, 개혁안이 반대에 부딪혀 파렐과 함께 제네바에서 추방되다(바젤에서 몇 주를 보낸 뒤 파렐은 뇌샤텔로 옮겨 가고, 칼뱅은 『기독교 강요』 두 번째 판을 준비하기 위해 바젤에 남아 있기로 한다).
9월, 마르틴 부처와 볼프강 카피토의 요청으로 스트라스부르로 가서 프랑스 난민으로 구성된 교회에서 목회하다.

1539년 『기독교 강요』 라틴어 제2판이 출간되다(초판의 세 배 분량으로 총 17장으로 구성되어 있으며, 1541년 프랑스어판과 함께 이후 출간될 판본들의 근간이 된다).

1540년 8월 6일, 재세례파 출신으로 스트라스부르 회중에 합류한 장 스토르되르의 미망인 이들레트 드 뷔르와 결혼하다.

1541년 라틴어를 모르는 신자들을 배려하여 1539년판 『기독교 강요』를 프랑스어로 번역하여 출간하다. “나는 이 책이 하나님의 모든 자녀로 하여금 성경을 참되고 바르게 이해하게 해줄 문이요 열쇠 역할을 하리라는 것만은 약속할 수 있다.”
9월 13일, 제네바 시의회의 공식 요청으로 제네바로 귀환하다.
11월 20일, 그가 작성에 참여한 새로운 교회 법규가 제네바 시의회의 승인을 받다.

1542년 7월, 『기독교 강요』 라틴어판과 프랑스어판이 모두 프랑스에서 금서 조치되다.
7월 28일, 아들 자크 출생(조산아로 태어나 곧 사망).

1543년 『기독교 강요』 라틴어 개정판(제3판)이 출간되다(여기서 4개의 장이 늘어나 총 21장이 되며 1545년 다시 프랑스어로 출간된다).
1월 28일, 그가 제정 위원으로 참여한 시민법이 제네바 총회에 의해 채택되다.

1549년 3월 29일, 아내 이들레트 드 뷔르 사망.

1550년 『기독교 강요』 라틴어 개정판(제4판)이 출간되다(양심에 관한 설명 등이 추가되어 다시 한번 분량이 늘어난다).

1555년 5월 16일, 그의 반대파가 선동한 폭동이 실패하여 주요 지도자들이 체포되거나 추방되다.

1559년 『기독교 강요』 라틴어 최종판이 출간되다(서문은 같은 해 8월 1일자로 되어 있다. 지독한 병마에 시달리면서도 그는 새로운 책이라 말할 수 있을 정도의 최종판을 완성하고 곧이어 1560년에 프랑스어로 출간한다).
6월 5일, 제네바 대학의 전신인 제네바 아카데미를 설립하여 신학과 법학 및 인문 교육을 하다.

1564년 초, 건강 악화로 인해 대부분의 활동을 중단하다.
2월 6일, 생 피에르 교회에서 마지막 설교를 행하다.
4월 2일 부활 주일, 마지막으로 성찬에 참여하다.
5월 27일, 제네바 목회자들이 지켜보는 가운데 54세의 나이로 세상을 떠나다(다음 날, 유언에 따라 제네바 왕립 묘지의 아무 표지 없는 무덤에 묻힌다). “나는 하나님의 말씀을 순전하게 가르치고 하나님께서 내게 주신 은총의 분량에 따라 신실하게 성경을 해석하고자 노력했음을 밝힙니다. 그분의 무한한 선하심이 없었다면, 내 모든 열정적인 노력은 연기에 불과했을 것입니다.”