1608년에 태어났다. 그는 1625년에 케임브리지 대학의 임마누엘 대학에 입학하였는데, 졸업은 하지 못하고 떠난 것으로 알려져 있다. 그는 1640년에 복음 설교자로 안수를 받았고, 의회 해군의 목사가 되어 바다에서 몇 년간을 섬겼는데, 그 당시 영국에서는 시민전쟁(1642~1645년)과 청교도 전쟁(1648~1649년)이 일어났다. 이러한 내란 이후에 브룩스는 런던의 퀸스트리트에 있는 세인트토머스 사도교회의 목사가 되었으며, 1648년부터 1651년까지 그곳에서 사역을 하는 가운데 종종 의회에 초청을 받아 설교를 하곤 하였다. 그 후, 1652년에 세인트마거릿교회 교구목사가 되었다. 세인트마거릿교회는 1666년 런던 대화재로 모두 불에 타 버린 첫 번째 교회이다.
  
토머스 브룩스는 목사로서의 사명에 충실했지만 1662년에 악명 높은 통일령의 희생자가 되고 말았다. 그 이유는 토머스 굿윈이나 존 오웬처럼 교회 정치체제에 있어서 회중교회적 견해를 선호하였기 때문이다. 통일령은 1559년 엘리자베스 1세가 개신교와 가톨릭을 통합하기 위하여 영국국교회의 의식과 기도를 통일시킨 법령으로, 1603년 제임스 1세가 왕으로 등극함으로써 폐지되었다가 1662년에 찰스 2세가 왕으로 등극하면서 다시 발효되었다. 이 법령으로 인해 브룩스뿐만 아니라 존 번연, 토마스 굿윈, 존 오웬 등 많은 청교도인들이 희생자가 되었다.
  
브룩스는 목사직에서 면직되고 난 이후에도 갖은 박해와 고통을 당했지만 그와 같은 환경에 아랑곳하지 않고 의연하게 그리고 지속적으로 런던에서 말씀을 전했다. 그 후에 그는 세인트마거릿교회 근처의 무어필드에 위치한 회중교회의 목사가 되었다. 그는 하나님의 말씀을 왜곡하지 않고 진실 되게 전하는 목사였으며 그 말씀을 몸소 행하는 목사였다. 그는 1665년 흑사병이 런던 전역을 어둠의 그림자로 뒤덮었을 때, 다른 목회자들과 달리 생사를 오가는 전쟁터인 그곳을 떠나지 않고 말씀을 전하고 양 떼를 돌보는 일에 힘썼다.
  
1676년, 소중히 여겼던 첫 번째 부인인 마르타 버지스를 잃은 뒤 페이션트 카트라이트와 재혼했으며, 그녀는 브룩스가 죽을 때까지 그에게 가장 귀한 동반자가 되어 주었다. 브룩스는 1680년에 소천하여 비국교들의 가장 유명한 공동묘소였던 런던의 번힐 필드에 묻혔다. 그의 성품은 부드러웠으며 자비로움과 인내 그리고 강력한 믿음을 가졌다고 전해진다.